El grupo surge en Enero del 2008 con el nombre de Microbiología y Mutagénesis Ambiental con el fin de potenciar estudios en el oriente colombiano sobre el impacto genotoxicológico de la actividad humana sobre el ambiente y su diversidad. Son antecedentes importantes para la creación del grupo, la experiencia previa de investigación del fundador del grupo, Dr. Jorge Luis Fuentes Lorenzo, en las áreas de Microbiología y Mutagénesis Ambiental. Desde la creación del grupo se ha venido fortaleciendo la formación de jóvenes investigadores al nivel de pregrado en las mencionadas áreas de investigación. En Marzo del 2010, se establece una alianza de investigación con el Dr. Mario García González, director del Grupo de Investigación en en Geología de Hidrocarburos y Carbones (Escuela de Geología-UIS), dando inicio a la línea investigación GeoMicrobiología; la cual es dirigida a desarrollar biotecnologías microbianas con impacto en la industria del petróleo y minería. Para inicio de los años 2010 y 2011, se incorporan al grupo los doctores Fernando Rondón González y Francisco José Martínez Pérez, respectivamente; iniciando así dos nuevas líneas de investigación en el grupo: Genética de Poblaciones y Genética de Celomados. En correspondencia con las nuevas líneas de investigación, se decide dar un nuevo nombre al grupo de investigación: Grupo de Investigación en Microbiología y Genética.
